L’Associazione organizza al proprio interno le Commissioni, composte da esperti sui diversi settori e indirizzi nosologici ed alle quali possono liberamente aderire gli associati interessati. Scopo delle Commissioni è quello di analizzare ed approfondire i temi dedicati, per fornire ai funzionari dell’AIOP ed agli Organi Associativi le indicazioni di carattere tecnico necessarie a definire le linee politiche e relazionali dell’Associazione. Alle commissioni riguardanti le diverse specialità sanitarie si sono aggiunte, dal 2009, anche le Commissioni Provinciali le quali, indipendentemente dalla tipologia di assistenza sanitaria fornita dagli aderenti, studiano i rapporti tra gli enti amministrativi locali e le strutture sanitarie presenti in una determinato territorio regionale. Rientra nella competenza di tali commissioni anche lo studio delle problematiche comuni e la promozione degli interessi delle strutture che vi aderiscono.